Juan,
La entrada/salida se realiza sobre puertos con contenido de 8 bits o 16 bits de forma atómica. No se puede leer un puerto de 16 bits como dos lecturas consecutivas del puerto de 8 bits ni se puede modelar una escritura al puerto de 16 bits como dos escrituras consecutivas al puerto enviando 8 bits cada una-
Por lo tanto el concepto de endianness no aplica.
Por otro lado el valor 1 es siempre 1 (o 0x1 o 0x0001, que es todo lo mismo). Lo que cambia según el endianness de un sistema es la manera en que se almacena/transmite la información (orden de los bytes) cuando dicho almacenamiento/transferencia es a nivel de palabra y el medio es a nivel de byte. Y solo hay que tenerlo en cuenta si uno luego quiere acceder a él a nivel de byte.
Saludos,
Gustavo