Hola:
En muchos casos sucede lo que vos mencionás y no quedan disponibles las carpetas compartidas.
Se puede probar realizar la instalación como se explica por aquí:
Es un poco más complicado, pero si seguís con cuidado los pasos seguro te quedarán instaladas.
También te comento que no es muy necesario tener las carpetas compartidas entre windows y la máquina linux ya que podés trabajar todo en linux y entregás directo desde linux.