hola,
la elección de las polaridades de las tensiones y los sentidos de las corrientes es arbitrario, pero debe ser el mismo para todos los circuitos que resulten al aplicar superposición. te conviene definirlos en el circuito original, y mantenerlos en los que vas obteniendo apagando fuentes. en ese sentido, está bien lo que decís al final.
espero no haberte confundido. cualquier cosa, avisame.
saludos cordiales,
pablo