Buenas,
Para los que estuvieron en la clase de consulta de hoy (y capaz que le sirve a alguno más), descubrimos que al parecer las interrupciones dejan de funcionar en el debbuger del CCS mientras está habilitada la herramienta para contar períodos de reloj.
Deshabilitamos esa herramienta y nos funciona perfecto a los tres.
Saludos