Hola.
Yo también estoy trabajando en Linux y tuve este problema.
Por lo que estuve leyendo del comando traceroute, el mismo usa un protocolo para el envío de mensajes en Windows y otro diferente en Linux, este sería el motivo del comportamiento diferente que notas.
En Linux se puede especificar un parámetro (al ejecutar el comando) indicando que se desea utilizar otro protocolo, por ejemplo el mismo que usa Windows.
Yo lo solucioné con eso. Busca por ahí y cualquier cosa volve a preguntar.
Espero que te sirva.
Saludos!