Hola.
La forma de que no se borre es hacerlo fuera del kathará.
En el laboratorio redes-ob3 que les entregamos, cada router y pc tiene una carpeta asociada donde se pueden colocar archivos que serán cargados a la máquina de kathará cuando inicie.
Para este caso, dentro de la carpeta correspondiente al router donde vas a iniciar quagga y ospf tenes que crear una carpeta etc y dentro una quagga y allí dentro colocar el archivo daemons y el archivo ospfd.conf
Puedes ver un ejemplo de esto en alguno de los laboratorios que están en la referencia [11] del obligatorio.
Saludos