Buenas,
1) Creo que tu intuición es correcta y es posible que ese cruzamiento sea "demasiado destructivo". Podés hacer lo que planteas de utilizar los mismo puntos de corte, que sería equivalente a permitir solamente puntos de corte en las posiciones pares si usaras la representación contínua que comentas (de una única lista). En cualquier caso, no se puede saber de antemano si un cruzamiento "es mejor que otro". Para compararlos sería necesario hacer una evaluación experimental del AE con cada cruzamiento y ver los resultados.
2) De nuevo, de antemano no se puede saber qué opción dará mejores resultados, por lo que, como bien decis, es una decisión que deben tomar ustedes. La primer opción que mencionas se puede ver como tener dos operadores de mutación independientes: una "mutación que cambia recorridos" y una "mutación que cambia vehículos" o similar, cada una con su probabilidad de ser aplicada. Creo que esta primera opción que mencionas tiene la ventaja de poder hacer un cambio en uno de los aspectos que codifica la solución sin afectar el otro: por ejemplo cambiar un tipo de vehículo sin afectar la ruta que está codificada en la solución. Esto tal vez resulte útil en algún caso, pero como dije no lo sabemos sin una evaluación experimental.
Cualquier duda nos escriben.
Saludos,
Renzo