El signo que tenes que poner en la expresión que relaciona la corriente y la variación de carga lo determina si el capacitor se está cargando o se está descargando y esto debe ser evaludado en cada situación en particular.
Por ejemplo, en la primera de las figuras la corriente llega al capacitor, por ejemplo porque se encuentra conectado a una fuente, y entonces en este caso escribimos que 
. Esto quiere decir los portadores de carga que trae la corriente se van a acumular en el capcitor aumentando así la carga almacenada.
Por el contrario en la segunda figura la corriente sale del capacitor por lo que escribimos 
. Lo que representa esta relación es que los portadores de carga están saliendo del capacitor para producir la corriente. Esta obviamente disminuye la carga total almacenada en el capacitor.
Espero qu esto te ayude!
Saludos,
Daniel.