Hola,
justamente la idea de este problema, y de utilizar la energía potencial eléctrica, es que podemos asegurar que la energía total se conserva si solamente actúan fuerzas eléctricas (u otras conservativas). Por eso no importa lo que pasó en el medio, es decir cual fue la trayectoria. Como te decía, el problema se puede resolver con cinemática, pero es bastante más complicado (el caso general se analiza en Newtoniana, bajo el título de fuerza central).
En tus apuntes, un error es en el cálculo de vf. Esa fórmula es válida para aceleraciones constantes. Se deduce de la definición de trabajo y el hecho que la variación de la energía cinética es igual al trabajo realizado por la fuerza aplicada. Si la aceleración es constante, el trabajo es F*(\Delta x) con F=m*a, sino hay que integrar F*dx a lo largo de la trayectoria. Si haces esto último justamente vas a encontrar la energía potencial eléctrica. En este caso la aceleración no es constante, así que no podés calcular la velocidad final de esa manera.
Lo de soltar la carga está bien, se entiende que la carga 2 tiene velocidad inicial nula.
De nuevo, lo importante es que la fuerza eléctrica es conservativa. Eso ayuda tremendamente en la resolución de estos problemas.
Espero ayude! Cualquier cosa volvé a preguntar.