Buenas,
Una forma de hacerlo es mediante la misma terminal con el comando scp, yo no estoy muy familiarizada con esta opción, quizá alguno de mis compañeros pueda orientarte por ese lado.
Otra forma de hacerlo es a través de la aplicación WinSCP, que es una aplicación que te permite conectarte remotamente y transferir archivos. Es decir, luego de bajarla e instalarla te va a dar la opción de conectarte remotamente (igual que te da la opción Putty), te conectas a lulu.fing.edu.uy y luego te pide tu usuario y contraseña (usuario y contraseña de FIng, el mismo que usas para iniciar sesión en las máquinas de la facultad), y después de autenticarte te muestra a la izquierda tu sistema de archivos y a la derecha el remoto. Podes navegar en los distintos directorios de ambos sistemas de archivos, y transferir archivos simplemente arrastrándolos de un lado a otro, luego, una vez transferido el archivo utilizas Putty para compilar y ejecutar, es bastante intuitivo.
Espero que te sirva de ayuda para probar el laboratorio.
Cualquier duda volvé a consultar.
Saludos!