Nuestro problema era que no nos dimos cuenta, que la funcion cksum devuelve el resultado ya convertido en network byte order, y le estabamos aplicando htons() nuevamente (invalidando así el checksum de la cabecera ip)
Pero por algún motivo los logs del mininet no toman en cuenta tal checksum (incluso en el wireshark si se fijan, aparece como 'disabled') mientras que los host sí, y descartan tales paquetes.
En resumen, es probable que tengan algún error con el checksum del ip header pero no con el header icmp.
Espero les sirva
Saludos!