Hola,
En el contexto de un algoritmo evolutivo, la evolución se mide en generaciones, por lo cual la frase que mencionas se refiere a generaciones.
Para algún problema particular (por ejemplo, un problema que requiere solución rápida, o en tiempo real) puede ser interesante graficar el fitness en función del tiempo de reloj, pero en general no es el caso y para los problemas que han propuesto como proyecto final ese definitivamente no es el caso. El tiempo de reloj depende de varios aspectos que no están vinculados con el algoritmo (plataforma/lenguaje de desarrollo, hardware, etc) y por tanto no es una métrica acorde para reportar, en especial para una comparación.
Saludos
SN