Estimado,
Deberías usar uno u otro según si te interesa que los operandos se traten como con o sin signo. Si en el dominio de tu programa, AX o BX tienen valores negativos, entonces deberías usar JG y familia. De lo contrario deberías usar JA. Ejemplo, si estás trabajando con números positivos y usás JG, para los valores chicos no va a haber problema, porque el salto va a dar el mismo resultado, pero si los valores en AX o BX son suficientemente grandes como para que el bit más significativo sea 1, entonces el JG va a interpretar ese número como negativo y el resultado va a ser diferente al que tú esperás.
Saludos,
Federico