Hugo,
La idea es duplicar las etapas iniciales del pipeline: una cadena para el flujo "normal" es decir suponiendo que la siguiente instrucción a ejecutar sería la siguiente de un flujo secuencial y otra cadena para el flujo en el cual se toma el salto. Se duplican las etapas hasta el punto en el cual la instrucción actual toma la decisión sobre si tomar el salto o no. En ese punto se descarta el flujo "equivocado".
Suponete que la instrucción actual está en la direccion A y es un salto condicional a la dirección B, entonces se comienza a procesar 2 flujos: el de la instrucción siguiente a A y el de la instrucción ubicada en la direccion B. Cuando se termina de decidir el salto ya se puede descartar el flujo de la instrucción "equivocada".
Saludos,
Gustavo