Pregunta 1)
La primera vez es necesario escribir una constante de recarga antes de arrancar el timer. De lo contrario no está definido el valor de la constante que se carga inicialmente en el contador decreciente. Si después vuelvo a programarlo para resincronizarlo o cambiar alguna configuración, si quiero mantener la constante de recarga que tenía no hace falta volver a escribirla.
Pregunta 2)
Lo que propone Alexis es un truco bien ingenioso. No puedo usarlo si tengo la entrada trg conectada a una señal en la que se producen flancos.
Fuera de ese truco no se me ocurre otra forma de dejarlo detenido, la única forma que queda es lo que propone NIcolás, es decir dejar que el timer siga contando y recargándose pero configurarlo para que no solicite interrupciones. Noten que entonces tengo usar la salida INT_n y no el pulso en zc para pedir la interrupción.
Saludos,
julio